تضم جامعة المثنى خمسة عشر كلية موزعة على ثلاثة مجمعات حيث يضم موقع رئاسة الجامعة احدى عشرة كلية فيما يضم موقع كلية الطب على كليتين هما الصيدلة والطب وموقع كلية طب الاسنان يضم كليتي الطب البيطري وطب الاسنان.
وتهدف الجامعة بكامل تشكيلاتها الى تحقيق رؤيتها المتمثلة بالتالي :-
1.توفير تعليم عال متميز على وفق المعايير العالمية يتكامل مع سوق العمل ومتطلباته لتأهيل خريجين بجودة عالية يمتلكون مهارات علمية وتربوية وأخلاقية متميزة.
2.الحرص والاهتمام بالبحث العلمي الاصيل الرصين وأخلاقياته وانتاج بحوث تخدم الخطط الاستراتيجية للعراق وتحقق التميز للجامعة عالميا.
3. خدمة المجتمع المحلي من خلال البحث العلمي والاستشارات العلمية المختلفة لحل المشاكل ورفع مستوى اداء مؤسساته.
